Les premiers bateaux-mouches firent leur apparition à Paris en 1867, à l'occasion de l'exposition universelle.

Le constructeur naval lyonnais Michel Félizat (associé à d'autres lyonnais) ayant remporté le prix d'un concours lancé par les organisateurs de l'exposition, achemina par la Saône, le canal de Bourgogne, l'Yonne et la Seine, une trentaine d'exemplaires de ses bateaux à passagers.

Ces bateaux furent construits dans des ateliers implantés dans le quartier de la Mouche au sud de Lyon, d'où leur nom.

De ce nouveau concept, Jean Bruel a créé une nouvelle activité, et déposa la marque-dénomination Bateaux Mouches dès 1950 et devint le fondateur de la Compagnie des Bateaux Mouches.
Afin de conférer une notoriété et une publicité suffisantes à sa nouvelle activité touristique sur la Seine, il inventa le personnage mythique de Jean-Sébastien Mouche, qu’il présenta comme le concepteur des Bateaux Mouches.